En el darrer episodi (277-278) hem vist a en Conan i en Heiji anar a casa de la Jodie a cercar informació i varen descobrir que aquesta els hi feia fotos d'amagat, tot i que ells varen robar el rodet. Tots dos mantenen, al marge a l'Ai per no preocupar-la, però aquesta s'assabenta d'amagatotis de tota la info que en Conan diu al professor i a en Heiji, per tant decideix que es millor fugir i que no la relacionin amb la lliga de detectius per no possar-los en perill (279), per sort, en Conan la troba just en el moment que l'Ai canvia d'opinió... per ara (280). Mentrestant, la Ran recorda un cas de quan va anar a Nova York amb en Shinichi (del mateix viatge que el cas a l'avió), allà coneix a la Sharon Vinyard gràcies a la mare de'n Shinichi. A més, per un carreró dos membres del FBI (un d'ells japonès) cerquen a un delinqüent, tot i que finalment en Shinichi es qui el troba, tot i que la Ran queda ferida (284-288). En Mitsuhiko s'acaba enamorant de l'Ai cada cop més (289-290). En Conan troba un disquet dels homes de negre (307-308), però no el pot llegir i viu una aventura amb els homes de negre, acabant sa i estalvi a la taquilla d'una estació, a on l'Ai el recull i el porta a casa. Al fons, en Shuichi Akai (el japonès del FBI) els veu i l'Ai li recorda a la germana, l'Akemi Miyano (309-311). L'Ai troba unes cassettes en que sa mare li felicita cada aniversari (340-341). La Jodie (que en veritat és una agent del FBI) s'enfronta a la Vermouth (que ha suplantat al doctor Araide), que ha estat esperant el moment de matar l'Ai perquè sap el secret de l'Organització Negra. La Vermouth va matar el seu pare quan era petita, i ella es va fer policia per venjar-ne la mort. Però el més estrany de tot és que per aquesta Vermouth sembla que no passin els anys... Sigui com sigui, els sicaris de la Vermouth fereixen la Jodie, i la Vermouth passa a tenir l'Ai a la seva mercè. Però en Conan que s'havia disfressat d'Ai perquè s'imaginava que corria perill. Llavors apareix l'autèntica Ai i la Ran, que s'havia amagat a la maleta del cotxe de la Jodie, la protegeix abans que la puguin matar. En Shuichi Akai dispara i fereix la Vermouth, que fuig amb el cotxe de la Jodie, agafant en Conan d'ostatge. Tots dos fan un pacte, la Vermouth no diu que en Conan és en Shinichi als de la organització. La Vermouth truca a en Gin (en Conan sent com marca el número, però no la trucada) i li confessa que creu que en Conan pot ser la "Bala de Plata" que té la capacitat d'eliminar-los a tots (345). La Jodie ofereix a l'Ai entrar al programa de protecció de testimonis, això implicaria no poder contactar amb la lliga de detectius. Finalment, unes paraules de la Ayumi fa que es quedi amb ells i no pensi en fugir més (346-347). En Conan s'adona que el número de telèfon del cap dels homes de negre coincideix amb el ritme de la cançó "Nanatsu no Ko" (els 7 petits corbs). (387) La Ran sospita de nou que en Conan i en Shinichi són la mateixa persona per culpa del telèfon (400). La presentadora de televisió anomenada Rena Mizunashi demana ajuda a en Kogoro. En Conan descobreix que és membre de l'Organització (nom en clau: Kir) i amb l'ajuda de l'FBI (Jodie i els seus amics) descobreix la identitat de 2 més: Korn i Chianti. Després d'una sèrie d'esdeveniments, la Kir té un accident de moto i és portada d'amagat, a l'hospital en estat de coma sota la custòdia de l'FBI. (425) Apareix un nou company a la classe de la Ran,bastant sapastre, l'Eisuke Hondo (429-430), qui cerca a la Rena Mizunashi (465). Finalment, els homes de negre troben l'hospital de la Rena i l'Eisuke també. En realitat, l'Eisuke sospitava que la Rena era sa germana que va marxar de casa i així és. El pare de tots dos ja va investigar a la organització i la Rena hi col·laborava amb la CIA. L'Akai s'adona que en Conan és en Shinichi (d'això no estic 100% segur) i a més es descobreix que era el xicot de la germana de l'Ai, d'aquí que no pugui ni veure als de la organització. Així doncs, la Rena és tornarà a infiltrar i donarà també informació al FBI. De nou a la organització, li demanen que mati a en Shuichi Akai, cosa que fa mentre l'FBI els espia. En Takagi confirma que les empremtes coincideixen (491-504). L'Eisuke se'n va als EUA per entrar a la CIA, però abans confessa que ja sabia que en Conan era el Shinichi (507-508). Finalment, un nou veí s'instal·larà a casa d'en Shinichi (amb el permís d'en Conan) ja que casa seva s'ha cremat. És un Subaru Okiya, algú amb qui el sisè sentit de l'Ai per detectar membres de la organització s'ha activat (509-510).