Hombre el codec wmv3 en su dia era bueno. Es cierto que los japos compartian raws en 120 fps, hace la tira... me acuerdo de haberlas visto en winny.
Puedes intentar usar los videos wmv con microsoft expression encoder que es gratuito, y compatible con ese formato.
O tambien puedes usar http://forum.doom9.org/showthread.php?t=127256, que al parecer es GOP-accurate. Sera pq wmv, se codifica con GOP cerrado.
LSMASH source lo has probado??
Pero vamos que solo hay que usarlo como ultima alternativa... creo que ya lo puse tb arriba. Si no hay mas collons... entonces sip