Te comento, a raíz de esto, y si lees un poco el hilo, sabrás el porqué de esas configuraciones.
Pero en resumen, fue que petó la placa base, jodiéndome dos discos duros donde tenía la mayor parte de anime. Los capítulos 8bits, con audio en japonés por defecto y subs en catalán, era la versión "original". Gracias a bos257, y a Rix711 más tarde, pude recuperar alguno de los viejos, el resto tocó hacerlos de nuevo. Y ya por entonces empezaba a codificar con el 10bits, de ahí a que haya dos codificaciones diferentes.
También aproveché para cambiar el orden de audios y subs de esas segundas/terceras versiones, e incluso, las fuentes de los subs son distintas en algunos capítulos de ambas versiones, al no disponer de ellas al hacer las V2/V3...
Espero haberte resuelto tus dudas.